Durante i colloqui che precedono l'applicazione dell'E.M.D.R. il terapeuta raccoglie la storia di vita del paziente per identificare gli eventi che hanno contribuito a sviluppare il problema. Questi ricordi, alla base della sintomatologia e del disagio, saranno quelli trattati con le stimolazioni bilaterali.

Si stabilisce una "linea di partenza" con la descrizione di alcuni aspetti relativi al ricordo disturbante, subito dopo il terapeuta fa compiere semplici movimenti oculari o procede con altre stimolazioni bilaterali, ad esempio un leggero tamburellamento (tapping) sulle mani, sulle spalle, sulle ginocchia oppure utilizza una stimolazione uditiva con l'ausilio di una cuffia stereo.

Le stimolazioni sono interrotte ad intervalli regolari durante i quali sarà chiesto al paziente un breve feedback per riferire ciò che ha potuto notare: cambiamenti nelle emozioni, nei pensieri, nelle sensazioni corporee, associazioni con altri ricordi o immagini, l'elaborazione procede in questo modo finché il paziente riferisce di non sentire alcun disagio in relazione al ricordo traumatico e sente vera un'affermazione positiva su se stesso legata al ricordo elaborato.

Gli indici che evidenziano il procedere dell'elaborazione potrebbero essere: la percezione che il ricordo si stia allontanando, un cambio di prospettiva rispetto al ricordo, vederlo "come se fosse un film", da spettatore esterno, statico, in bianco e nero, sbiadito o sfocato, la modificazione a livello cognitivo su di sé (passaggio da una convinzione negativa ad una positiva) e l'assenza di sensazioni fisiche disturbanti.